真菌生物技术教育部工程研究中心在安徽省微生物防治省重点实验室的基础上，于2007年由教育部批准建设的。
建设的目标是：（1）建成以真菌杀虫剂为主的生物农药工程化研发、中试、产业化和推广基地，具备对科技成果产业化的工程化验证环境和对科技成果进行技术经济分析和工程评估的能力；（2）建成一支素质一流的微生物农药创新研发与系统集成队伍，培养生物农药行业和相关领域科技创新人才及管理人才，形成不断创新的可持续发展能力和人才储备；（3）加强产学研结合，推进我国有害生物的生物防治水平，推动行业技术进步，提高我国生物农药在国际市场上的竞争力；（4）加强学科交叉，推动我国昆虫病理学、昆虫真菌学和害虫生物防治等学科的发展。
中心位于安徽农业澳门新菊京妖乐城本部生物产业园内，占地7亩，建筑面积2300M2, 拥有真菌发酵和产品加工的研发、中试和小批量生产的实验室、车间和大型设备，包括4个1吨、2个300升、4个70升、2个30升和2个10升液体发酵罐，以及发酵面积达到4000M2的固体发酵床架，以及较先进的干燥系统、收孢系统和制剂系统，以及活性物质提纯的离心、超滤、干燥以及胶囊灌装的专用实验室和设备，成为符合GMP规范的发酵产品后处理生产车间。
