多肽及小分子药物重点实验室依托于首都医科澳门新菊京妖乐城化学生物学与药学院，于 2004 年 3 月成立，化学生物学与药学院已建成为研究型学院，迅速进入了国内先进行列，并建成了现代药学研究平台。此平台已经投资 2000 万元人民币购置了包括 3 台 LC-MS 、 2 台 NMR 、 10 台 HPLC 、 2 台 HPCE 等分析仪器和配套的生物学仪器，形成了多肽及小分子药学生存和发展的优秀空间。 围绕 多肽及小分子药物研究 形成了 一批具有创新和可持续的药物研究项目。
目前实验室设立四个子机构，包括多肽及小分子药物设计研究室、多肽及小分子药物合成研究室、多肽及小分子药物制剂研究室、多肽及小分子药物评价研究室，已经在无出血倾向和无免疫原性反应的溶栓寡肽研究、靶向溶栓寡肽研究、代谢稳定的溶栓环肽研究、构象固定化的溶栓伪肽研究、溶栓与ＮＯ清除双功能伪肽研究、氢化可的松 - 京都酚缀合激素研究、氢化可的松 - 尿毒素缀合激素研究、雌激素 - 生长激素释放肽缀合激素研究、雌激素 -RGD 肽缀合激素研究 9 个研究领域形成了自己的特色。主要研究方向为 1）3 至 10 个氨基酸残基的寡肽药物研究； 2）3 至 6 个氨基酸残基的环寡肽药物研究； 3）3 至 6个氨基酸残基的寡肽与甾体缀合的伪肽药物研究； 4）3 至 6 个氨基酸残基的寡肽与吲哚生物碱缀合的伪肽药物研究； 5）3 至 6 个氨基酸残基的寡肽与咪唑啉缀合的伪肽药物研究； 6）氨基酸与糖缀合的糖胺药物研究 。
本实验室的学科带头人和学术带头人有 4 人具有指导博士研究生资格、 5 人具有指导硕士研究生资格、绝大部分 都具有 博士学位和留学经历。一直在研究生教育一线，既有丰富的培养经验又有很强的研究生培养能力。已经为国家培养了 45 名博士、 30 名硕士、现有在读博士研究生 15 名、现有在读硕士研究生 35 名。预计 3 年内可以为国家输送懂得多肽药物的博士 12 名和硕士 10 名。预计 4 年内可以为可以为本学院培 养在职 博士 9 名。 本实验室的人员总数将控制在 24 名研究人员和 50 名研究生水平。预计每年可以承担 10 项来自北京市和国家的研究项目、可以 在国际知名杂志发表 10 篇以上（ SCI ）学术论文、可以申请 10 项国家发明专利、可以向北京市转移 2 个候选药物。
实验室在学校实验室管理委员会的领导下，由实验室主任负责实验室的全面工作，由国内药学学科与生物学科优秀专家组成学术委员会，对实验室的学术活动进行指导以及开放课题的管理。
药学学科是首都医科澳门新菊京妖乐城今后重点发展的学科，多肽及小分子药物已经成长为药学研究和制药产业的一个新增长点，既是药学学科发展的重要方面，也是首都医科澳门新菊京妖乐城计划发展的一个重要方面。市教委支持建立多肽及小分子药物北京市重点实验室并将该实验室挂靠在我校，使得这个实验室从成立的这天起就具有特色，必将成为我校对外交流的窗口并具有示范作用 。
